В каком порядке оформлять предоставление ежегодного отпуска руководителю организации, если данный вопрос относится к компетенции участников (акционеров) общества?

Оформлять нужно в следующем порядке.

1. Руководитель организации заблаговременно (с учетом даты начала отпуска, указанной в графике отпусков) письменно уведомляет общее собрание участников (акционеров) общества о своем уходе в ежегодный отпуск (см. Уведомление об отпуске руководителя организации). В этом уведомлении руководитель должен указать дату и продолжительность ежегодного отпуска.

2. Проводится общее собрание участников (акционеров) общества для решения вопроса о предоставлении ежегодного отпуска руководителю организации в дату, запланированную в графике отпусков, либо о переносе отпуска на другое время. Принятое решение оформляется протоколом общего собрания участников (акционеров) общества (см., например, Протокол общего собрания о предоставлении отпуска генеральному директору).

3. При приближении даты отпуска руководитель организации в общем порядке под подпись предупреждается о предстоящем ежегодном отпуске не менее чем за две недели. Уведомить его может, например, руководитель кадровой службы в любой письменной форме, в частности, направив директору персональное уведомление (см. Уведомление руководителя организации о начале отпуска).

4. При предоставлении отпуска руководителю организации оформляются документы о предоставлении отпуска и проставляются соответствующие отметки об отпуске.
Приказ (распоряжение) о предоставлении отпуска в отношении себя подписывает руководитель организации и расписывается за ознакомление с ним как работник в соответствующей графе. В качестве основания для издания приказа в нем нужно указать протокол общего собрания участников (акционеров) общества.

5. Руководителю организации рассчитываются и выплачиваются отпускные.

Подтверждение: ч. 3 ст. 123, ч. 9 ст. 136 Трудового кодекса РФ, письмо Роструда № 3707-6-1 от 21 декабря 2011 г., п. 3 письма Роструда № 428-6-1 от 22 марта 2012 г.