В какой срок выставлять счет-фактуру при получении аванса?

Выставлять нужно в течение пяти календарных дней с момента получения предоплаты. При этом день получения аванса в пятидневный срок не включается (п. 2 ст. 6.1, п. 3 ст. 168 Налогового кодекса РФ).

Вместе с тем выставление счета-фактуры непосредственно в день получения предоплаты не противоречит нормам налогового законодательства.
Подтверждение: письмо Минфина России № 03-07-14/19170 от 6 апреля 2015 г. (в части выставления счета-фактуры на отгрузку – его выводы можно распространить и на выставление счета-фактуры на аванс).

Если организация получила предоплату по договору, который предусматривает различные сроки поставки товаров (выполнения работ, оказания услуг), то при оформлении счета-фактуры на аванс сумму поступившей предоплаты (аванса) выделять в отдельные позиции не нужно (письмо Минфина России № 03-07-15/39 6 марта 2009 г.).

выставление счета-фактуры на аванс, отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг) в счет которого произошла в течение пяти календарных дней после его получения.