Удерживать ли как налоговому агенту при аренде государственного (муниципального) имущества у балансодержателя, которому имущество принадлежит на праве хозяйственного ведения (оперативного управления)?

Удерживать не нужно.

Организация (индивидуальный предприниматель) должна исполнять обязанности налогового агента по НДС, если арендодателем (одним из арендодателей) по договору аренды государственного или муниципального имущества выступает:
– либо орган исполнительной власти и управления (в частности, Росимущество, региональный комитет по управлению имуществом);
– либо орган местного самоуправления (например, администрация района, округа), не являющийся казенным учреждением.

Если арендодателем государственного (муниципального) имущества является организация-балансодержатель, которой имущество принадлежит на праве хозяйственного ведения, оперативного управления, то обязанностей налогового агента по НДС у арендатора не возникает. В этом случае арендодатель (например, автономное, бюджетное учреждение или унитарное предприятие) должен перечислять налог в бюджет самостоятельно.

При этом если такая организация-арендодатель применяет освобождение от налогообложения в соответствии с п. 1 ст. 145 Налогового кодекса РФ, то оказание услуг по предоставлению в аренду государственного (муниципального) имущества не облагается НДС.

Подтверждение: п. 3 ст. 161 Налогового кодекса РФ, письма Минфина России № 03-07-14/28624 от 12 мая 2017 г., № 03-07-14/39827 от 7 июля 2016 г., № 03-07-07/12128 от 11 апреля 2013 г., ФНС России № СД-4-3/25449 от 14 декабря 2017 г.

Если организация-арендодатель является казенным учреждением, то оказание им услуг по предоставлению имущества в аренду не признается объектом налогообложения НДС (пп. 4.1 п. 2 ст. 146 Налогового кодекса РФ). Соответственно, эти учреждения уплачивать НДС не должны, а их арендаторы не должны его удерживать.
Подтверждение: письма Минфина России № 03-07-11/2939 от 26 января 2016 г., № 03-07-14/65191 от 17 декабря 2014 г., ФНС России № СД-4-3/14076 от 19 июля 2017 г., № СД-4-3/16866 от 9 сентября 2016 г.

Кроме того, не возникает обязанности по удержанию и уплате НДС у арендатора муниципального имущества, составляющего имущество казны, если оно предоставляется в аренду органом местного самоуправления, являющимся казенным учреждением (письма Минфина России № 03-07-15/20611 от 10 апреля 2015 г., ФНС России № СД-3-3/6555 от 5 октября 2017 г.).