Предусмотрена ли ответственность за нарушение срока выставления счетов-фактур?

Не предусмотрена ответственность.

За нарушение срока выставления счета-фактуры (корректировочного счета-фактуры), установленного п. 3 ст. 168 Налогового кодекса РФ, ответственность законодательством не предусмотрена (письмо Минфина России № 03-07-11/41 от 17 февраля 2009 г.).

Вместе с тем выставление счетов-фактур (корректировочных счетов-фактур) с опозданием может привести к грубому нарушению правил учета доходов и расходов, объектов налогообложения, за которое налоговая инспекция может привлечь организацию (индивидуального предпринимателя) к ответственности в виде штрафа в размере:
– 10 тыс. руб. – если отсутствие счетов-фактур обнаружено в налоговом периоде, следующем за тем, когда продавец (организация, индивидуальный предприниматель) должен был выставить счет-фактуру;
– 30 тыс. руб. – если отсутствие счетов-фактур обнаружено в нескольких налоговых периодах;
– 20 процентов от суммы неуплаченного налога, но не менее 40 тыс. руб. – если нарушение привело к занижению налоговой базы.
Подтверждение: ст. 120 Налогового кодекса РФ.

Если выставление счетов-фактур (корректировочных счетов-фактур) с опозданием привело, в частности, к грубому нарушению требований к бухучету, в том числе к бухгалтерской (финансовой) отчетности, должностных лиц организации (например, руководителя) суд может привлечь к административной ответственности (при отсутствии оснований, освобождающих от ответственности).
Подтверждение: ст. 15.11, 23.1 КоАП РФ.

Индивидуальные предприниматели по основаниям, предусмотренным ст. 15.11 КоАП РФ, как должностные лица к административной ответственности не привлекаются. Причем это справедливо и в тех случаях, когда индивидуальный предприниматель лично осуществляет права и выполняет обязанности должностных лиц в своем бизнесе (руководителя, главного бухгалтера и т.п.).
Подтверждение: примечание к ст. 15.3 КоАП РФ, п. 23 Постановления Пленума Верховного суда РФ № 18 от 24 октября 2006 г.