Является ли плательщиком организация, средняя численность работников которой превышает 100 человек?

Не является плательщиком (за некоторыми исключениями).

На спецрежим в виде ЕНВД не вправе перейти организации, средняя численность работников которых за предшествующий календарный год превышает 100 человек (пп. 1 п. 2.2 ст. 346.26 Налогового кодекса РФ).

Организации, применяющие данный спецрежим, утрачивают право на него с того налогового периода (квартала), в котором средняя численность работников превысит 100 человек (п. 2.3 ст. 346.26, ст. 346.30 Налогового кодекса РФ).

Причем учитывается среднесписочная численность работников по всем видам предпринимательской деятельности независимо от применяемых режимов налогообложения, включая численность работников филиалов, представительств и иных обособленных подразделений налогоплательщика (письма Минфина России № 03-11-06/3/71 от 15 октября 2012 г., № 03-11-06/3/250 от 22 октября 2009 г., № 03-11-02/126 от 10 ноября 2008 г., ФНС России № ШС-22-3/507 от 25 июня 2009 г.).

ООО "Гамма" ведет деятельность по передаче в аренду объектов недвижимости. Средняя численность работников головного отделения организации за предыдущий календарный год составила 97 человек.
Организация имеет обособленное подразделение, которое в предыдущем календарном году занималось оптовой торговлей. Средняя численность работников подразделения за предыдущий календарный год – 12 человек. По всем видам деятельности ООО "Гамма" применяет ОСНО.

В текущем году данное подразделение организации прекратило вести оптовую торговлю и начало торговать в розницу. В муниципальном образовании, где расположено подразделение, в отношении розничной торговли может применяться спецрежим в виде ЕНВД. Однако ООО "Гамма" по деятельности обособленного подразделения не вправе перейти на данный спецрежим, поскольку средняя численность работников за предыдущий календарный год по организации в целом составляет 109 (97 + 12) человек, то есть превышает установленное ограничение в 100 человек.

Исключение: в отношении некоторых организаций ограничение по средней численности работников применяется только с 2018 года. К таким организациям относятся:
– организации потребительской кооперации;
– хозяйственные общества, единственными учредителями которых являются потребительские общества и их союзы.
Подтверждение: абз. 2 пп. 1 п. 2.2 ст. 346.26 Налогового кодекса РФ, письмо Минфина России № 03-11-11/24232 от 26 апреля 2016 г.

Среднюю численность работников для целей применения ЕНВД нужно определять, руководствуясь Указаниями, утв. Приказом Росстата № 428 от 28 октября 2013 г. (письмо Минфина России № 03-11-06/19830 от 7 апреля 2016 г.).