В каком порядке уплачивать?

Уплачивать нужно в следующем порядке.

Перечислять плату за негативное воздействие на окружающую среду нужно в срок не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим отчетным периодом (кварталом) (п. 1, 2 Приказа Ростехнадзора № 557 от 8 июня 2006 г.), то есть:
– не позднее 20 апреля – за I квартал текущего года;
– не позднее 20 июля – за II квартал текущего года;
– не позднее 20 октября – за III квартал текущего года;
– не позднее 20 января – за IV квартал предыдущего года.

По общим правилам плата перечисляется отдельно:
– по видам негативного воздействия (в связи с тем, что уплачивается по разным КБК) (Указания, утв. Приказом Минфина России № 65н от 1 июля 2013 г.);
– по местонахождению объектов негативного воздействия, размещенных (зарегистрированных) в одном муниципальном образовании, или местонахождению организации-плательщика, если разрешение на негативное воздействие на окружающую среду выдано на организацию в целом (п. 2, 19, 20 Общих положений Порядка, утв. Приказом Ростехнадзора № 204 от 5 апреля 2007 г.).

Платежное поручение нужно заполнять в соответствии с Положением ЦБ РФ № 383-П от 19 июня 2012 г., Правилами, утв. Приказом Минфина России № 106н от 24 ноября 2004 г. (см. Образец).

В частности, в зависимости от вида негативного воздействия, за который перечисляется плата, указываются следующие коды бюджетной классификации:
– за выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными объектами – 048 1 12 01010 01 6000 120;
– за выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух передвижными объектами – 048 1 12 01020 01 6000 120;
– за сбросы загрязняющих веществ в водные объекты – 048 1 12 01030 01 6000 120;
– за размещение отходов производства и потребления – 048 1 12 01040 01 6000 120;
– за иные виды негативного воздействия – 048 1 12 01050 01 6000 120.
Подтверждение: Указания, утв. Приказом Минфина России № 65н от 1 июля 2013 г.

Существуют особенности перечисления платы организациями:
– имеющими обособленные подразделения;
– при реорганизации;
– при ликвидации.

За невнесение платы в установленные сроки (просрочку) предусмотрена административная ответственность (ст. 8.41 КоАП РФ), а начисление пеней не предусмотрено.