Является ли плательщиком организация (индивидуальный предприниматель), которая производит сброс загрязняющих веществ не в водные объекты, а на рельеф местности?

Является плательщиком.

К видам негативного воздействия на окружающую среду, за которые взимается плата за негативное воздействие на окружающую среду, относятся, в частности, сбросы загрязняющих веществ в поверхностные и подземные воды через централизованные системы водоотведения, а также на водосборные площади (п. 1-3 ст. 16 Федерального закона № 7-ФЗ от 10 января 2002 г., приложение № 1 к Постановлению Правительства РФ № 344 от 12 июня 2003 г.).

В целях расчета платы за негативное воздействие на окружающую среду сброс загрязняющих веществ на рельеф местности приравнивается к сбросу загрязняющих веществ в водный объект (неорганизованному сбросу загрязняющих веществ).
Подтверждение: п. 1.1, 1.2 Методических указаний, утв. Госкомэкологией России 29 декабря 1998 г., п. 1 Порядка заполнения раздела 3 Расчета платы за негативное воздействие на окружающую среду, утв. Приказом Ростехнадзора № 204 от 5 апреля 2007 г., письмо Ростехнадзора № 04-09/626 от 4 сентября 2006 г.

Вывод: при сбросе загрязняющих веществ неорганизованным поверхностным стоком на рельеф местности организация (индивидуальный предприниматель) является плательщиком платы за негативное воздействие на окружающую среду.

Вместе с тем, поскольку в настоящее время нормативы допустимых сбросов веществ и микроорганизмов на водосборные площади (рельеф местности) законодательно не утверждены, то территориальные отделения Росприроднадзора не вправе выдавать и продлевать разрешения на производство сбросов веществ, иных веществ и микроорганизмов на водосборные площади (на рельеф местности).
Кроме того, законодательством урегулирован сброс в водный объект (даже маловодный либо сосредоточение вод в котором несет сезонный характер) или в центральную систему водоотведения, поэтому сброс сточных вод на водосборную площадь является нарушением требований законодательства, за которое установлена административная ответственность в соответствии с гл. 8 КоАП РФ.
Подтверждение: письмо Росприроднадзора № СМ-08-02-32/18383 от 18 ноября 2014 г.