Как организовать раздельный учет?

Организовать нужно, самостоятельно разработав и закрепив в учетной политике для целей налогообложения порядок ведения раздельного учета по НДС.

Налоговый кодекс РФ не содержит рекомендаций, как организовать раздельный учет по НДС. Поэтому налогоплательщику необходимо самостоятельно разработать порядок его ведения. Главная задача – разграничивать:

1) облагаемые и не облагаемые НДС операции;

2) операции по производству и (или) реализации товаров (работ, услуг), которые облагаются по ставке 0 процентов;

3) суммы входного НДС по товарам (работам, услугам, имущественным правам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, которые используются в них. Исключение – случаи, когда обязанность по ведению раздельного учета не возникает.

Входной НДС по товарам (работам, услугам, имущественным правам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, которые налогоплательщик использует:
– в части облагаемых НДС операций, – принимается к вычету (в т. ч. в особом порядке в отношении некоторых операций, облагаемых НДС по ставке 0 процентов, в частности, при экспорте сырьевых товаров);
– в части не облагаемых НДС операций, – включается в их стоимость;
– одновременно и в облагаемых, и в не облагаемых НДС операциях (например, общехозяйственные расходы), – принимаются к вычету либо учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они используются для облагаемых (не облагаемых) операций (с учетом особенности в части применения "правила 5 процентов").

Подтверждение: п. 2, 4 ст. 170, п. 4 ст. 149, п. 10 ст. 165, п. 1, 6 ст. 166 Налогового кодекса РФ, письма Минфина России № 03-07-08/12468 от 6 марта 2017 г., № 03-07-11/46925 от 11 августа 2016 г.

Например, для разграничения сумм входного НДС между операциями, облагаемыми и не облагаемыми НДС, организациям и ведущим бухучет индивидуальным предпринимателям можно открыть следующие дополнительные субсчета к счету 19 "Налог на добавленную стоимость по приобретенным ценностям":
– по товарам (работам, услугам, имущественным правам), которые используются в облагаемых НДС операциях, – субсчет "К вычету";
– по товарам (работам, услугам, имущественным правам), которые используются в не облагаемых НДС операциях, – субсчет "В стоимость";
– по товарам (работам, услугам, имущественным правам), которые используются как в облагаемых, так и в освобожденных от налогообложения операциях, – субсчет "К распределению".

Разработанный порядок ведения раздельного учета по НДС организации (индивидуальному предпринимателю) нужно закрепить в учетной политике для целей налогообложения (письмо Минфина России № 03-07-08/12468 от 6 марта 2017 г.).