Платить ли продавцу, применяющему спецрежим (освобожденному от уплаты), если покупатель в платежном поручении выделил сумму налога (счет-фактура покупателю не выставлялся)?

Платить не нужно.

Организация (индивидуальный предприниматель), которая применяет спецрежимы (УСН, ЕНВД, ЕСХН, ПСН) либо освобождена от исполнения обязанностей налогоплательщика в соответствии со ст. 145 и 145.1 Налогового кодекса РФ (кроме посредника, действующего от своего имени), обязана перечислить в бюджет НДС при реализации товаров (выполнении работ, оказании услуг) в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделенной суммой налога (п. 5 ст. 173 Налогового кодекса РФ, п. 20 Правил ведения книги продаж, утв. Постановлением Правительства РФ № 1137 от 26 декабря 2011 г).

Вывод: поскольку в рассматриваемой ситуации счет-фактуру покупателю организация (индивидуальный предприниматель) не выставляла, то платить НДС не нужно. Тот факт, что в платежном поручении покупатель выделил сумму налога отдельной строкой, не обязывает продавца к расчетам с бюджетом. Кроме того, указание НДС в платежном поручении не дает покупателю право на вычет налога в отсутствие счета-фактуры продавца.

Подтверждение: письма Минфина России № 03-07-14/58618 от 18 ноября 2014 г., МНС России № 03-1-08/1191/15 от 13 мая 2004 г.

Продавцу (исполнителю) во избежание споров с налоговой инспекцией целесообразно запросить у покупателя (заказчика) письмо с сообщением, что в соответствующем платежном поручении сумма НДС выделена ошибочно (письмо УФНС России по г. Москве № 20-14/2/030093 от 31 марта 2009 г.).