Вести ли раздельный учет по операциям, облагаемым налогом, и операциям, которые не признаются объектом налогообложения (например, местом реализации которых не является территория России)?

Вести нужно, если доля расходов по операциям, не облагаемым НДС, за налоговый период (квартал) превышает 5 процентов от всех расходов организации.

Вести раздельный учет нужно, если помимо операций, подлежащих налогообложению, организация (индивидуальный предприниматель) проводит операции, с которых не начисляет НДС (которые не облагаются НДС) по любым основаниям, предусмотренным гл. 21 Налогового кодекса РФ. Исключение – случай, когда у организации (ИП) в налоговом периоде отсутствовали не облагаемые НДС операции или доля совокупных расходов по таким операциям не превышает 5 процентов от общей величины расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг, имущественных прав).
Подтверждение: п. 4 ст. 149, п. 4 ст. 170 Налогового кодекса РФ.

состав расходов, НДС по которым можно принимать к вычету, если доля совокупных расходов налогоплательщика на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5 процентов.

Вывод: вести раздельный учет по операциям, облагаемым налогом, и операциям, которые не признаются объектом налогообложения (например, местом реализации которых не является территория России), нужно при условии, что доля расходов по операциям, не облагаемым НДС, за налоговый период (квартал) превышает 5 процентов от всех расходов налогоплательщика.

Подтверждение: Определение Конституционного суда РФ № 966-О от 4 июня 2013 г., Постановление Президиума ВАС РФ № 1407/11 от 5 июля 2011 г., письма Минфина России № 03-07-11/223 от 14 сентября 2009 г., ФНС России № ГД-4-3/9632 от 4 июня 2015 г., № 3-1-11/117 от 16 февраля 2010 г.