Учитывать ли в первоначальной стоимости объекта основных средств госпошлину за регистрацию прав на недвижимое имущество?

Учитывать нужно.

Суммы госпошлины, уплачиваемые в связи с приобретением (получением, созданием) объекта основных средств (например, при регистрации права собственности), являются фактическими затратами, которые учитываются в первоначальной стоимости объекта основных средств. Такой порядок применяется как при приобретении указанного имущества за плату, в том числе по договору мены (бартеру), так и при его строительстве, получении в качестве вклада в уставный капитал либо безвозмездно.
Подтверждение: абз. 8 п. 8, п. 12 ПБУ 6/01.

Данное правило применимо даже в случае, если госпошлина будет уплачена после принятия основного средства к учету. Дело в том, что сумма госпошлины формирует оценочное обязательство, если организация применяет ПБУ 8/2010 (п. 3, 4, 5 ПБУ 8/2010), и, соответственно, должна относиться на увеличение стоимости актива, по которому возникает (п. 8 ПБУ 8/2010).

Каждый факт хозяйственной деятельности организации должен быть подтвержден первичными учетными документами по формам, которые организация утвердила в учетной политике для целей бухучета (ч. 1, 4 ст. 9 Федерального закона № 402-ФЗ от 6 декабря 2011 г.). Так, уплату госпошлины можно подтвердить соответствующими платежными документами, ее включение в стоимость основного средства (как оценочного обязательства) – бухгалтерской справкой, а принятие основного средства к учету – например, актом о приеме-передаче основного средства, инвентарной карточкой по учету основных средств.