Как поступить, если в течение налогового периода перечислялись авансовые платежи, а по его итогам получен убыток?

Поступить нужно в зависимости от выбранного объекта налогообложения.

А) Если плательщик единого налога при УСН выбрал объект налогообложения в виде разницы между доходами и расходами:
– по итогам налогового периода (календарного года) в установленные сроки в бюджет нужно доплатить минимальный налог, если он превышает сумму внесенных авансовых платежей (п. 6 ст. 346.18 Налогового кодекса РФ). В противном случае уплата не производится (налог рассчитывается в декларации);
– налоговую базу последующих налоговых периодов можно будет уменьшить на величину полученного убытка и сумму уплаченного минимального налога (п. 6, 7 ст. 346.18 Налогового кодекса РФ);
– в случае, когда сумма рассчитанного минимального налога окажется меньше суммы ранее уплаченных авансовых платежей, организация может обратиться в налоговую инспекцию с заявлением о зачете в счет будущих платежей (возврате) возникшей переплаты авансовых платежей над минимальным налогом (ст. 78 Налогового кодекса РФ).

Б) Если плательщик единого налога при УСН выбрал объект налогообложения в виде доходов, то нужно рассчитать единый налог по итогам года, при необходимости доплатив нужную сумму в бюджет или предъявив его к уменьшению. Также может сложиться ситуация, когда по итогам года сумма единого налога нарастающим итогом за год будет равна сумме ранее исчисленных авансовых платежей, то есть ни обязанности по уплате, ни переплаты по единому налогу не возникнет (например, если в последнем квартале отчетного года доходов организация не получила). Само по себе наличие убытка не повлияет на расчет единого налога по итогам года, так как расходы при этом не учитываются.
Подтверждение: п. 1, 5 ст. 346.18, п. 5 ст. 346.21 Налогового кодекса РФ.