В каких случаях организация (индивидуальный предприниматель) лишается права на вычет?

Лишается права на вычет в следующих случаях:
– организация (индивидуальный предприниматель) не является плательщиком НДС (в частности, если применяет спецрежим);
– не соблюдаются необходимые условия применения вычета. Если хотя бы одно из условий применения вычета не выполнено, вычет по НДС применить нельзя.
Подтверждение: п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 Налогового кодекса РФ.

Например, вычет НДС, уплаченного на таможне при импорте товаров, невозможен, если:
– товары приобретены для операций, не облагаемых НДС;
– товары не приняты к учету (нет документов, подтверждающих принятие товара на учет);
– НДС на таможне не уплачен;
– таможенные декларации (их надлежащим образом заверенные копии – руководителем организации и главным бухгалтером, индивидуальным предпринимателем) и платежные документы, подтверждающие уплату налога, отсутствуют.
Подтверждение: п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 Налогового кодекса РФ.

В ряде случаев входной НДС, не принятый к вычету, нужно включить в стоимость приобретенных товаров (выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав) (п. 2 ст. 170 Налогового кодекса РФ). Или, если организация (индивидуальный предприниматель) применяет спецрежим в виде УСН, учесть в расходах по отдельной статье затрат (пп. 8 п. 1 ст. 346.16 Налогового кодекса РФ).

Кроме того, решение о правомерности (неправомерности) применения вычетов налоговая инспекция может принять в результате проведения контрольных мероприятий (проверок), в состав которых входят, в частности:

– оценка экономической обоснованности сделок;

– анализ налоговых обязательств контрагентов и налоговых последствий сделок в виде необоснованной налоговой выгоды либо ущерба для бюджета;

– проверка полноты и правильности расчета и уплаты в бюджет налога контрагентами (поставщиками, продавцами, подрядными организациями);

– оценка показателей первичных документов, составленных при исполнении сделок, на предмет полноты, правильности и достоверности отражения в документах информации об имевших место отношениях;

– анализ первичных документов на предмет их соответствия требованиям законодательства;

– анализ достоверности сведений, содержащихся в налоговой декларации по НДС и бухгалтерской отчетности;

– анализ деятельности налогоплательщика на предмет возможности реального осуществления им хозяйственных операций с учетом времени, места нахождения имущества или объема материальных ресурсов, экономически необходимых для производства товаров (выполнения работ, оказания услуг);

– оценка наличия у организации (индивидуального предпринимателя) необходимых условий для достижения результатов соответствующей экономической деятельности (например, наличия управленческого (технического) персонала, основных средств, производственных активов, складских помещений, транспортных средств).

Подтверждение: письма ФНС России № КЕ-4-3/5728 от 12 апреля 2011 г., № КЕ-4-3/5585 от 8 апреля 2011 г.

При этом источник средств для приобретения товаров (работ, услуг, имущественных прав) в общем случае значения не имеет. В частности, НДС можно принять к вычету и в случае, когда расходы понесены за счет кредитных средств (при выполнении всех прочих условий для применения вычета) (письмо Минфина России № 03-07-10/3989 от 2 февраля 2015 г.).