Вправе ли налоговый агент удерживать налог с сумм, с которых ранее он удержан не был (например, по причине выплаты дохода в натуральной форме)?

Вправе удерживать (в отношении ряда доходов – с учетом ограничения).

Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму НДФЛ непосредственно из доходов граждан при их фактической выплате. При выплате дохода в натуральной форме или получении налогоплательщиком дохода в виде материальной выгоды удержание суммы налога производится за счет любых доходов, выплачиваемых этому же налогоплательщику в денежной форме. При этом удерживаемая сумма налога не может превышать 50 процентов суммы выплачиваемого дохода в денежной форме.
Подтверждение: п. 4 ст. 226 Налогового кодекса РФ.

Под иными доходами, из суммы которых подлежит удержанию налог в рамках исполнения обязанностей налогового агента, следует понимать любые выплаты гражданину независимо от того, подлежат ли они сами налогообложению НДФЛ.
Например, если работодатель выдал подарок работнику, но не смог удержать НДФЛ с его облагаемой суммы (в силу натурального характера дохода), то он может он может провести доудержание при выплате работнику пособия по уходу за ребенком, не облагаемого НДФЛ. Зарплата за первую половину месяца также может быть источником для доудержания налога, несмотря на то, что с самой зарплаты НДФЛ удерживается только при окончательном расчете за месяц, а не при выплате аванса.
Подтверждение: письма Минфина России № 03-04-06/65462 от 26 августа 2019 г., № 03-04-06/28037 от 5 мая 2017 г., № 03-04-06/51392 от 7 сентября 2015 г., № 03-04-06/35397 от 18 июля 2014 г.

Мнение ФНС России в письме № БС-4-11/20405 от 26 октября 2016 г.: с 1 января 2016 года ограничение в 50 процентов от суммы выплачиваемого дохода распространяется только на случаи удержания НДФЛ, не удержанного с дохода в натуральной форме или при получении дохода в виде материальной выгоды. Однако это не означает, что доудержание налога во всех остальных случаях можно не производить.
Согласно ст. 138 Трудового кодекса РФ общий размер всех удержаний при каждой выплате зарплаты в общем случае не может превышать 20 процентов (ограничение в 50 или 70 процентов касается иных особых случаев, например, связанных с удержаниями по исполнительным документам).
Таким образом, сумма НДФЛ удерживается:
– с ограничениями, установленными ст. 138 Трудового кодекса РФ (20 процентов), – с дохода в виде оплаты труда, к которому, в частности, относятся премии (доплаты, компенсации), предусмотренные системой оплаты труда (после удержания текущего НДФЛ по действующей ставке). Например, при удержании с зарплаты налога, ранее не удержанного с аванса по зарплате за предыдущий месяц, поскольку вторую его половину работник находился в отпуске за свой счет и иных доходов не получал;
– с ограничениями, установленными п. 4 ст. 226 Налогового кодекса РФ (50 процентов), – с любых выплат работнику при удержании налога с дохода в натуральной форме или в виде материальной выгоды;
– без ограничений – с иных доходов, отличных от оплаты труда и случаев удержания НДФЛ с доходов в натуральной форме, в виде материальной выгоды. Например, при удержании с суммы пособия по временной нетрудоспособности налога, ранее ошибочно не удержанного с зарплаты.

При этом в письме не уточнено, правомерно ли производить удержание налога с иных доходов (без ограничений), если по требованию других норм права с таких доходов производятся другие обязательные удержания (например, на выплату алиментов, которые подлежат удержанию в том числе с суммы пособия по временной нетрудоспособности). Ведь во всех указанных случаях удержание налога производится в первую очередь (даже при наличии исполнительных документов на другие виды удержаний), что может привести к нарушению прав, в частности, алиментополучателей.

Организация может обратиться в Минфин России за разъяснениями налогового законодательства в части действия или отсутствия ограничений на удержание НДФЛ (в т. ч. ошибочно не удержанного) при выплате любых доходов (в т. ч. тех, с которых удержания производятся в соответствии с другими нормами права). Сделать это нужно письменно, подробно изложив имеющуюся проблему, а при необходимости приложить к запросу документы, касающиеся задаваемого вопроса.

Запрос в контролирующие ведомства можно сформировать с помощью сервиса "Моё дело. Бюро" – "Электронная отчетность"/"Написать письмо в гос. орган".

Официальный ответ контролирующих ведомств освобождает организацию от налоговой ответственности и пеней за просрочку уплаты налогов (сборов), если нарушение законодательства было допущено из-за того, что организация следовала данным в этом документе разъяснениям (пп. 3 п. 1 ст. 111, п. 8 ст. 75 Налогового кодекса РФ).

В случае невозможности в течение года исполнить обязанности налогового агента по удержанию налога необходимо надлежащим образом уведомить об этом налоговую инспекцию и получателя дохода. После письменного сообщения (в установленный срок) получателю дохода и налоговой инспекции о невозможности удержать НДФЛ обязанность по уплате налога возлагается на гражданина, а обязанность налогового агента по удержанию соответствующих сумм прекращается.
Подтверждение: п. 5 ст. 226, пп. 4 п. 1 ст. 228 Налогового кодекса РФ, письмо Минфина России № 03-04-06/37289 от 27 июня 2016 г.

В любом случае, если выявлен ошибочно не удержанный налог, который мог быть удержан налоговым агентом, то независимо от того, сможет налоговый агент доудержать налог из последующих выплат до окончания года или сообщит о невозможности удержания, в том числе представит уточненную (корректировочную) отчетность, при проверке могут быть применены меры ответственности, а также начислены пени.