Удерживать ли с компенсации за использование в служебных целях личного автомобиля работника?

Удерживать не нужно при соблюдении определенных условий.

НДФЛ не облагаются все виды установленных законодательством компенсационных выплат (в пределах установленных норм), в частности связанных с выполнением работником трудовых обязанностей и возмещением ему расходов (п. 3 ст. 217 Налогового кодекса РФ).

Компенсация за использование личного имущества работника, в том числе личного транспорта, а также возмещение расходов в связи с его использованием предусмотрены трудовым законодательством. Размер такой компенсации (суммы возмещаемых расходов) определяется по соглашению сторон трудового договора.
Подтверждение: ст. 188 Трудового кодекса РФ.

При этом у организации (индивидуального предпринимателя) должны быть документы, подтверждающие:
– принадлежность используемого имущества работнику;
– расходы, связанные с эксплуатацией автомобиля (в частности, на ГСМ, техническое обслуживание, ремонт (например, в связи с ДТП, произошедшим во время исполнения работником служебного задания));
– расчеты компенсаций;
– фактическое использование личного имущества работника в интересах работодателя при выполнении трудовых обязанностей.

Подтверждение: письма Минфина России № 03-04-06/65168, № 03-04-06/65170 от 12 сентября 2018 г., № 03-04-06/22274 от 20 апреля 2015 г., № 03-04-05/24421 от 27 июня 2013 г., УФНС России по г. Москве № 20-14/092399 от 20 июня 2017 г.

возникновение облагаемых НДФЛ доходов в сумме компенсации за использование автомобиля, собственником которого работник не является, но владеет им на законных основаниях (в т. ч. на праве аренды, доверенности на право управления транспортным средством).