Вправе организация вновь принять к вычету восстановленную сумму налога после возврата на ОСНО? При переходе на систему налогообложения в виде ЕНВД организация восстановила и перечислила в бюджет НДС с остаточной стоимости объекта основных средств

Не вправе принять.

При переходе организации с ОСНО на уплату ЕНВД суммы "входного" НДС по всем активам, которые не были использованы в деятельности, облагаемой НДС, на 1-е число месяца перехода, подлежат восстановлению. Суммы "входного" НДС нужно восстановить в последнем налоговом периоде (квартале) его уплаты (до перехода). По недоамортизированным основным средствам (нематериальным активам) НДС восстанавливается в сумме, пропорциональной их остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценок.
Подтверждение: пп. 2 п. 3 ст. 170 Налогового кодекса РФ.

При этом восстановленные суммы налога в стоимость основных средств включать не нужно, их можно списать в уменьшение налогооблагаемой прибыли в составе прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией (пп. 1 п. 1 ст. 264 Налогового кодекса РФ).

Вывод: организация, применявшая систему налогообложения в виде ЕНВД, при возврате на ОСНО не вправе принять к вычету ранее восстановленные и перечисленные в бюджет суммы НДС с остаточной стоимости объекта основных средств (поскольку они были уже учтены для целей налогообложения до перехода – в уменьшение налогооблагаемой прибыли).

Подтверждение: письма Минфина России № 03-11-06/3/174 от 30 июня 2009 г., № 03-07-11/23 от 29 января 2009 г.