Пересчитает ли налоговая инспекция пени за перечисление авансовых платежей по налогу в меньшем размере, чем по первоначальному расчету?

Пересчитает пени.

Если по итогам отчетного (налогового) периода сумма авансовых платежей по налогу (сумма самого налога) меньше суммы авансовых платежей, подлежащих уплате в течение этого отчетного (налогового) периода, то пени, начисленные за неуплату (несвоевременную уплату) указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению (п. 14 Постановления Пленума ВАС РФ № 57 от 30 июля 2013 г., письма Минфина России № 03-03-06/1/9 от 19 января 2010 г., № 03-02-07/1-106 от 18 марта 2008 г., ФНС России № 3-2-06/127 от 13 ноября 2009 г.).

На практике налоговые инспекции при начислении пеней на авансовые платежи применяют следующий механизм расчета. Пени на суммы ежемесячных авансовых платежей до истечения отчетного периода не начисляются. После представления налоговой декларации за отчетный (налоговый) период пени начисляются на несвоевременно уплаченные авансовые платежи, не превышающие авансовый платеж (налог), рассчитанный за последний квартал отчетного (налогового) периода. Если декларация по налогу представляется только по итогам года (например, по УСН), то перерасчет авансовых платежей производится соразмерно сумме налога за налоговый период и расчет пеней происходит в автоматизированном режиме на пересчитанную сумму авансовых платежей.
Подтверждение: письма ФНС России № ЗН-4-1/1711 от 5 февраля 2016 г., Минфина России № 03-03-06/1/15 от 22 января 2010 г.

Например, ежемесячные авансовые платежи организации по налогу на прибыль за IV квартал составили 1,7 млн руб. По срокам уплаты ежемесячные авансовые платежи за первый и второй месяц (октябрь, ноябрь) IV квартала в сумме 3,4 млн руб. уплачены своевременно, платеж за третий месяц (декабрь) не уплачивался. Согласно налоговой декларации за год налог, исходя из прибыли за IV квартал, рассчитан в размере 1,6 млн руб. Для расчета пеней ежемесячные авансовые платежи принимаются в сумме не выше 1,6 млн руб. или соответственно по месяцам: 533 333 руб., 533 333 руб. и 533 334 руб. Если по состоянию на 1 октября недоимки по налогу на прибыль организаций не имелось, то начисление пеней в IV квартале не производится.

Если по итогам налогового периода организацией получен убыток, то пени, начисленные на сумму несвоевременно уплаченных авансовых платежей по налогу на прибыль, подлежат сторнированию (письмо ФНС России № ЕД-4-3/18934 от 11 ноября 2011 г.).

Другие вопросы по теме