Учитывать ли в первоначальной стоимости основного средства расходы на аренду земельного участка, предназначенного для строительства здания?

Учитывать нужно. В первоначальной стоимости строящегося основного средства (здания) нужно учитывать расходы в виде платы за аренду земельного участка. Однако не нужно включать в нее расходы на приобретение права заключить договор аренды (субаренды) такого земельного участка.

Первоначальную стоимость построенного основного средства нужно определять как сумму расходов на его сооружение (изготовление), доставку и доведение до состояния, пригодного к использованию (абз. 2 п. 1 ст. 257 Налогового кодекса РФ).

Расходы на аренду земельного участка, предназначенного для постройки основного средства (здания), являются расходами, непосредственно связанными со строительством (сооружением) объекта основных средств. Поэтому арендные платежи по земельному участку, предназначенному для строительства основного средства (здания), нужно включить в его первоначальную стоимость. Сделать это можно только в той их части, которая относится к площади участка, занятой под строительство.
Подтверждение: письма Минфина России № 03-03-06/1/45885 от 4 августа 2016 г., № 03-03-06/1/749 от 11 ноября 2011 г., № 03-00-08/65 от 20 мая 2010 г.

При этом затраты на приобретение права заключить договор аренды (субаренды) такого земельного участка включать в первоначальную стоимость строящегося основного средства не нужно. Такие затраты учитываются в составе прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией, в общем порядке при выполнении определенных условий на основании п. 3, 4 ст. 264.1 Налогового кодекса РФ.
Подтверждение: письма Минфина России: № 03-03-06/1/18418 от 23 мая 2013 г., № 03-03-06/1/749 от 11 ноября 2011 г.