Как отразить входной НДС, если его сумма (часть суммы) включена в стоимость товаров (работ, услуг)?

Отразить нужно вначале с использованием дебета счета 19 "НДС по приобретенным ценностям", а затем перенести в дебет соответствующего счета по учету актива (10, 08, 20, 26, ...), в стоимость которого включается этот налог.

Входной НДС, предъявленный продавцом (исполнителем) при приобретении товаров (работ, услуг), в бухучете нужно отразить проводкой:

ДЕБЕТ 19 КРЕДИТ 60
– отражена сумма входного НДС по приобретенным товарам (работам, услугам).

В зависимости от вида приобретенного имущества (работ, услуг) при включении входного НДС в его стоимость в бухучете нужно сделать проводку:

ДЕБЕТ 41 (10, 08, 20, 26, ...) КРЕДИТ 19
– сумма входного НДС включена в стоимость приобретенных товаров, основных средств (работ, услуг).

Подтверждение: Инструкция к Плану счетов.

Момент, когда организация должна включить НДС в стоимость приобретенных товаров (работ, услуг), зависит от обстоятельства, согласно которому он включается в стоимость этих активов. Например, если организация применяет УСН (не является плательщиком НДС), то включить входной налог в стоимость приобретенных основных средств (нематериальных активов) нужно в день их принятия на учет (пп. 3 п. 2 ст. 170 Налогового кодекса РФ). При этом при применении УСН (и ЕСХН) в соответствующих случаях входной НДС может быть списан на расходы по отдельной статье затрат.
Иная ситуация складывается, если организация ведет раздельный учет входного НДС и налог, который можно принять к вычету, определяет расчетным путем (по итогам квартала). В этом случае включать часть суммы входного НДС в стоимость товаров (работ, услуг) можно будет только в последний день налогового периода, так как именно тогда станет известна сумма налога, подлежащая включению.
Подтверждение: п. 4 ст. 170 Налогового кодекса РФ.